DNA Capture

Le CNRCH met en place une nouvelle stratégie de diagnostic par séquençage haut débit (NGS, technique de capture d’ADN) destinée à l’étude du résistome et du virulome de H. pylori.

Cette approche est réservée aux patients en échecs de traitement avec une indication formelle d’éradication uniquement : ulcère, cancer gastrique localisé et lésion prénéoplasique étendue, MALT et ATCD familiaux cancer gastrique de 1er degré.

Merci de compléter la fiche de demande téléchargeable sur notre site internet et de l’envoyer complétée par mail à cnrch@chu-bordeaux.fr

Fiche demande DNA Capture

Le CNRCH décidera en fonction des renseignements fournis si l’analyse NGS sera réalisée ou bien si le cas soumis sera orienté pour expertise vers la RCP du Groupe d’Etude Français des Hélicobacters.

L’analyse NGS sera réalisée, après l’envoi par un laboratoire d’analyses médicales au CNRCH :

– soit sur ADN extrait de biopsie gastrique (envoi à température ambiante, +5°C ou -20°C).

– soit sur reliquat de biopsie gastrique congelé (envoi à -20°C ou -80°C).

Demander au laboratoire d’analyses médicales de fournir une copie de leur résultat de PCR en précisant le nom du kit utilisé et la valeur du Ct de PCR obtenu pour H. pylori.

L’analyse NGS pourra être réalisée également sur biopsies fraiches envoyées en milieu Portagerm Pylori (envoi à +5°C ou -20°C).

Si l’ensemble des conditions de réalisation de cette analyse sont réunies, l’analyse par NGS sera réalisé au prix d’une PCR temps réel H. pylori (B100 soit 25 euros).

 

 Helicobacter Heilmannii

 

 

WEBINAR du 7 février 2024

Le programme de ce webinar était le suivant, vous pouvez consulter les présentations librement :

 ·         Bilan des 6 premiers mois de saisies du réseau Helico-net : un outil de suivi épidémiologique des infections à H. pylori en France (Pr P Lehours) : 

Réseau Heliconet GEFH 2024

·         Evaluation au CNR de la gélose sélective H. pylori commercialisée par BD (Lucie Bruhl) :

Dias – 2024-01 – BRUHL Lucie_BD Helicobacter 

·         Emergence de méthyltransférases chez Campylobacter associées à la résistance aux macrolides (Q Jehanne) :

WEBINAR CNR 2024 (4)

 

                                                     

La 31e Réunion annuelle du Groupe d’Étude Français des Hélicobacter GEFH aura lieu le 26 janvier 2024 à Paris, Institut Pasteur :

->  https://www.sfm-microbiologie.org/evenement/journee-du-gefh/

                                                   

Les partenaires de AIDES | AidesSanté Publique France a publié le bilan de surveillance des infections à Campylobacter 2022, à lire sur le site officiel, lien ci-dessous :

-> Bilan de surveillance 2022 des infections à Campylobacter par Santé Publique France

 

                                                   

Journal de Biologie Médicale / Volume 12-Numéro 47 / Oct-Déc 2023, P. Lehours :  Aspects diagnostic et de traitement de l’infection à Helicobacter pylori. retrouver l’article complet dans l’onglet « Bilans et Publications »

Résumé : L’infection par la bactérie Helicobacter pylori a été découverte par deux chercheurs australiens au milieu des années 1980 grâce à la culture sur milieu gélosé à partir de biopsies gastriques. Cette culture reste de nos jours délicate à mettre en place. Aussi, de nombreux tests diagnostiques directs ou indirects alternatifs ont été proposés afin d’accéder à ce diagnostic. Des schémas d’éradication ont été très rapidement proposés mais faute de pouvoir accéder au profil de sensibilité de la bactérie, les traitements probabilistes ont été très largement plébiscités. Le développement de la PCR en temps réel permet de nos jours d’orienter le traitement d’éradication vers des traitements ciblés notamment sur le profil de sensibilité à une molécule clé du traitement, la clarithromycine.

 

EMC Biologie médicale : infections à Campylobacter, P. Lehours : retrouver l’article complet dans l’onglet « Bilans et Publications »

Résumé : L’infection à Campylobacter est la première cause d’infection entérique bactérienne. Elle est surtout liée à C. jejuni et C. coli. Cette infection est une zoonose dont le réservoir est constitué essentiellement par les oiseaux, transmise par les aliments, en particulier la volaille. Il s’agit en général de cas sporadiques. L’infection correspond le plus souvent à une colite inflammatoire. Le syndrome de l’intestin irritable apparaît aussi être une conséquence de l’infection à Campylobacter. Le diagnostic historiquement réalisé par culture à partir de selles est dorénavant devancé par les approches moléculaires ditessyndromiques. Les formes septicémiques concernent surtout les espèces C. fetus et C. jejuni. Parmi les complications postinfectieuses, la plus sévère est le syndrome de Guillain-Barré. Le traitement antibiotique n’est pas conseillé dans tous les cas d’infection digestive mais seulement dans les formes les plus graves et aux âges extrêmes de la vie, aux femmes enceintes et aux immunodéprimés. Il doit être systématique et bactéricide dans les infections invasives.

 

                                                     

Merci à aux participants du webinar 24.10.2023  ainsi qu’à Sophie-Anne Gibaud, Sahel Wandji & Quentin Jehanne.

Ci-après les trois présentations en format pdf :

Dr Sophie Anne Gibaud (Bactériologie, CHU de Nantes) : Adaptation de la PCR H. pylori r-biopharm sur automate BD Max : la parole aux utilisateurs.

-> Gibaud SA_PCR H pylori sur BD Max

 

Dr Sahel Wandji (Bactériologie, CHU de Bordeaux) : Identification des Helicobacters non-pylori sur spectromètre de masse MALDI-TOF Bruker.

->  Wandji S_identifcation par MALDI des NHPH (1) (1)

 

Pr Lehours Philippe et Dr Quentin Jehanne (CNRCH, CHU de Bordeaux) : Antibiogrammes des Campylobacters version 2.0 : place au résistome. (10 min)

-> Lehours et Jehanne_Antibiogrammes 2.0 des Campylobacters

 

                                                        

 

Pour les envois de souches Campylobacter, la feuille de renseignements patient a été mise à jour dans la partie Antibiogramme.

-> Feuille de renseignements Souche Campylobacter 09.2023

                                                      

 

TUTOGASTRO© 17/07/2023    /   Helicobacter pylori résistant

Dans ce TutoGastro de la SNFGE, le Dr Frédéric Heluwaert répond aux questions du Dr Camille Barrault afin de vous expliquer, en 4 minutes, quelles sont les raisons possibles d’échec de traitement pour un Helicobacter pylori, quels examens faire pour identifier cette résistance au traitement, et selon le résultat quel nouveau traitement proposer.

https://www.youtube.com/watch?v=pfao6d7Juwg

SNFGE  Société Nationale Française de Gastro-Entérologie,

79, boulevard du Montparnasse 75006 Paris.

 

                                                         

 

Nous vous suggérons de consulter « Campylobacter story map »  2022, diffusée par l’ EFSA European Food Safety Authority, les versions anglaise et française sont en ligne. Présentation interactive et complète. N’hésitez pas à double cliquer sur les graphiques ou images, lien ci dessous :

Cliquer par ici pour le lien -> Carte récit de Campylobacter (arcgis.com)

  1. Qu’est-ce que Campylobacter
  2. Quelle maladie
  3. Où se trouve-t-on
  4. Comment être infecté
  5. Occurrence en 2021
  6. Comment prévenir
  7. Surveillance de l’UE et rôle de l’EFSA
  8. Lectures complémentaires

 

 

 

Webinaire Section Microbiologie des Aliments par la Société Française de Microbiologie :

Les campylobacters, c’est mercredi 10 mai  de 12h30 à 13h30

– Philippe Lehours : Epidémiologie des infections humaines à Campylobacters en France

– Jasmina Vidic : Sensitive detection of Campylobacter in chicken meat

– Rute Matos : A journey through the world of RNases in Campylobacter jejuni  (intervention en anglais)

 

 

 

Nouvel article dans European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases – publication du 16 mars 2023

-> RIDA®GENE Helicobacter pylori PCR on the ELITe InGenius System

La détection par PCR de l’infection à Helicobacter pylori dans les biopsies gastriques permet la détection de cette bactérie et des mutations associée à la résistance aux macrolides.

Le but de cette étude était d’évaluer les performances de la PCR RIDA®GENE H. pylori (r-Biopharm) sur le système ELITe InGenius (Elitech).

Deux cents biopsies gastriques ont été traitées. Ces biopsies ont été broyées dans un bouillon nutritif.

Deux cents microlitres de cette suspension ont été traités avec de la protéinase K, puis 200 µL du lysat ont été transférés dans un tube d’échantillon ELITe InGenius pour être analysés à l’aide des réactifs PCR RIDA®GENE H. pylori.

La PCR H. pylori maison du CNR a été utilisée comme référence.

La sensibilité de la PCR RIDA®GENE H. pylori avec ELITe InGenius était de 100%, la spécificité de 98 % (intervalle de confiance (IC) à 95 %, 95,3-100 %), la VPP de 98 % (IC 95 %, 95,3-100 %), et la VPN de 100 % pour la détection de H. pylori. Tous ces mêmes paramètres étaient de 100 % pour la catégorisation de la résistance aux macrolides.

L’adaptation des réactifs PCR RIDA®GENE H. pylori sur le système ELITe InGenius est validée avec succès. Cette PCR est facile à utiliser sur ce système.

 

 

Santé Publique France a mis en ligne le Bilan de surveillance année 2021 des Campylobacters.

A consulter sur leur site par le lien suivant ou à télécharger en fichier joint.

-> Bilan de surveillance 2021 des Campylobacters Santé Publique France

-> Bilan_surveillance_campylo_2021_VF

Les partenaires de AIDES | Aides

 

Nous vous informons du renouvellement de notre mission en tant que Centre National de Référence pour une période de 5 ans 2023-2027, selon le décret n°2022-1770 paru au Journal Officiel du 30 décembre 2022.

Arrêté 30 décembre 2022_fixant liste des CNR

Décrêt 30 décembre 2022_relatif aux CNR

 

 

-> Diaporama de l’infection à Hélicobacter pylori en France : données 2017-2021

Présentation lors du congrès de la RICAI décembre 2022. Cliquer sur le lien suivant :  RICAI 2022 P Lehours

 

 

-> Étude rétrospective multicentrique sur Campylobacter spp. Bactériémie en France.

Cliquer sur le lien suivant : Bacteremia in France: The Campylobacteremia Study -Tinevez 2022

 

 

-> La nomenclature des actes de biologie médicale concernant H. pylori change !

La PCR H. pylori sur biopsie gastrique peut être cotée B100.

La culture de H. pylori est indiquée en cas d’échec de traitement d’éradication (B60 + B70 pour l’antibiogramme).

Le test respiratoire à l’urée marquée peut être prescrit en dépistage ou en contrôle d’éradication (B45).

La détection antigénique de H. pylori dans les selles peut être cotée B40, en dépistage ou en contrôle d’éradication.

Cf JO du 16/12/2022.

Journal Officiel 20221216_0291_0040-1

 

 

-> SFM, Campylobacter Release in december 2022,  avec notre participation à l’écriture du livre sur trois chapitres.

Cliquer sur le lien suivant : https://www.sfm-microbiologie.org/boutique/campylobacter-2022/

 

 

-> Article du jle, Hépato-Gastro, 2022, Volume 29, Numéro 8 :

Exploration microbiologique de la sensibilité aux antibiotiques de Helicobacter pylori. Pr Philippe Lehours.

Résumé : Létude de la sensibilité de Helicobacter pylori aux antibiotiques repose sur lisolement par culture de la bactérie à partir de biopsies gastriques. Les antibiogrammes sont réalisés par détermination des concentrations minimales inhibitrices en testant au minimum la clarithromycine et la lévofloxacine.
L
alternative à la culture est de chercher au minimum par PCR les mutations associées à la résistance aux macrolides. Les PCR sur échantillons de selles ne sont pas encore au point.

Pour sa lecture intégrale : –> explorations microbiologiques de la sensibilité aux antibiotiques de Helicobacter pylori – jle – Hepato-gastro oncologie – PL

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-> Les demandes de sérologie Campylobacter jejuni doivent être accompagnées d’une fiche de renseignements cliniques téléchargeable sur notre site internet.

Pour télécharger ce document, vous rendre dans l’onglet :

« Catalogue des actes » -> « campylobacter (sérologie) » ->« formulaire requis »

En l’absence de cette feuille, la sérologie ne sera pas effectuée.

Merci pour votre collaboration.

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-> « Nouvelles valeurs moléculaires pour les tests de sensibilité aux antibiotiques pour Aliarcobacter butzleri » à lire dans notre onglet  « Bilans et Publications » –  

Molecular Cut-off Values for Aliarcobacter butzleri Susceptibility Testing 

 

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Les sociétés I2A et Biomérieux commercialisent des bandelettes contenant de l’amoxicilline + une concentration fixe d’acide clavulanique à 2mg/L.

Les valeurs de CMI obtenues sur la souche de CQ pour C. jejuni sont impactées.

Les bornes proposées dans les recommandations du CASFM ne sont plus valables pour cette nouvelle génération de bandelettes.

Ouvrir le lien suivant : CMI AUG comparaison Biomerieux I2A

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Recommandations du CASFM 2022 pour Campylobacter et Helicobacter pylori

-> Vous pouvez télécharger le document dans l’onglet « FICHES TECHNIQUES et RECOMMANDATIONS »

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-Mme Fanny Chéreau, Santé Publique France : « Bilan 2017-2021 de l’épidémiologie des infections à Campylobacters en France ».

cliquer sur le lien ci-après pour la lecture du document ->  Présentation de F Chereau Santé Publique France

 

-Mme Lucie Bruhl, ingénieur au CNRCH:  « Automatisation sur BDMAX et Ingenius d’une PCR commerciale pour la détection de Helicobacter pylori ».

cliquer sur le lien ci-après pour la lecture du document -> Lucie B séminaire CNR juin 2022

 

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CNR des Campylobacters & Hélicobacters : Préparation des antibiogrammes campylobacter – ensemencement Helicobacter pylori

 Photos : Guillaume Ferran – CHU Bordeaux



Nomination du CNRCH 2023-2027 :

Le Laboratoire de Bactériologie de l’Hôpital des Enfants de Bordeaux a été l’un des premiers en France à s’intéresser aux Campylobacters en 1979. Durant les années 80, nous avons mené plusieurs études sur le rôle des Campylobacters dans les diarrhées de l’enfant dans les pays en développement, soutenues par : l’OMS (Vietnam), la Communauté Européenne (Burkina Faso) et le Ministère français des Affaires Etrangères (Algérie).

En France, nous avons mis en place un réseau hospitalier de surveillance des infections à Campylobacter avec l’aide du Groupe d’Etudes Epidémiologiques et Prophylactiques (GEEP). Ce réseau soutenu par le Ministère de la Santé dès 1986 a permis d’obtenir les premières données épidémiologiques sur cette infection dans notre pays, et notre laboratoire est devenu Centre National de Référence en 1993, renouvelé en 1998, 2002 et 2006. En 2002, le système de surveillance a été étendu aux laboratoires de ville.

Helicobacter pylori
a été découvert en 1982, et classé initialement dans le genre Campylobacter. Pour cette raison, nous avons été amenés à étudier cette bactérie qui avait une niche écologique différente de celle des autres Campylobacters. C’est seulement en 1989 qu’un nouveau genre a été créé pour cette bactérie avec comme espèce principale H. pylori.

Le CNRCH a été créé en 1993 et est passé sous gestion du CHU de Bordeaux depuis 2017 pour la période 2017-2022. 

Le mandat est renouvelé pour la période de 2023 à 2027,  selon le décret n°2022-1770 paru au Journal Officiel du 30 décembre 2022.

Arrêté 30 décembre 2022_fixant liste des CNR

Décrêt 30 décembre 2022_relatif aux CNR

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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