Mission d’expertise
Identification et typage des souches de Hélicobacters
∠ Identification des souches de Hélicobacters
Les souches de H. pylori sont difficilement identifiables par MALDI-TOF (scores trop faibles). L’identification est basée sur des caractères phénotypiques (état frais, catalase, oxydase, uréase). Les autres espèces du genre Helicobacter sont identifiées soit par MALDI-TOF soit par Next Generation Sequencencing (NGS) *.
Nous prodiguons à la demande des conseils aux biologistes pour isoler H. pylori à partir de biopsies gastriques : milieu de culture, atmosphère et temps d’incubation, modalités de conservation, conditions de réalisation d’un antibiogramme.
Des fiches pratiques sont disponibles sur notre site internet dans l’onglet « Fiches techniques & Recommandations ». Des formations pratiques sur place au CNRCH peuvent être organisées à la demande.
Nous avons aussi développé une méthode de PCR en temps réel, en barettes prêtes à l’emploi, basée sur le gène de l’ADNr 23S pour détecter H. pylori et les mutations à l’origine de la résistance à la clarithromycine que nous appliquons systématiquement sur les biopsies gastriques reçues.
∠ Typage des souches de Hélicobacters
Nous utilisons les mêmes méthodes moléculaires de typage que pour les Campylobacters : la Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD), la MLST et le séquençage de génome par Next Generation Sequencencing (NGS) *.
Maintien et diffusion des souches
Le Centre maintient congelées les souches types des principales espèces de Hélicobacters ainsi que de nombreuses souches isolées depuis 1984, soit plusieurs milliers, provenant de diverses pathologies.
Ces souches peuvent être distribuées sur demande. Cette diffusion est difficile et limitée dû à la nécessité d’envoyer ces souches congelées et des restrictions liées à la sécurité.
Études dans le cadre de la recherche appliquée
Le Centre participe à la mise au point et à l’évaluation des nouvelles techniques de diagnostic, d’identification et de typage des souches.
∠ Évaluation de différentes techniques d’extraction d’ADN pour PCR H. pylori dans les selles avec le kit Amplidiag en collaboration avec le CHU de Poitiers, Pr C.Burucoa. Le descriptif est présenté en page 8 du Rapport d’activité du CNRCH année 2020.
∠ Évaluation de nouveaux composés à action antibactérienne en collaboration avec l’Université Aix-Marseille, Dr M. Maresca. Le descriptif est présenté en pages 8 et 9 du Rapport d’activité du CNRCH année 2020.
∠ Diagnostic de l’infection à H. pylori à partir d’estomac inclus en paraffine.
∠ Nous avons collaboré avec l’ANSES et le GEFH à une évaluation de 29 trousses utilisées en France pour la sérologie de H. pylori. Seules 4 trousses ont des performances satisfaisantes.
∠ Participation au PHRC REBALANCE coordonné par le Professeur H Sokol, gastro-entérologue Hôpital Saint Antoine Paris.
Information et formation
∠ Notre Centre contribue à la formation et à la diffusion de l’information concernant les bactéries concernées.
∠ Nous avons participé entre autres à une plaquette technique sur les méthodes de routine utilisables pour H. pylori et, en France, une brochure pour l’information des médecins généralistes a aussi été publiée.
∠ Nous participons à l’élaboration d’une fiche pratique d’éradication antibiotique de l’infection à H. pylori.
∠ Des travaux pratiques sont organisés par notre équipe au sein du CNRCH destinées aux biologistes ainsi qu’aux techniciens de laboratoire des établissements extérieurs.
∠ Nous mettons à jour régulièrement les fiches techniques proposées sur le site du CNRCH
∠ Nous recevons directement au CNR les appels téléphoniques et emails de gastro-entérologues pour des conseils thérapeutiques. Les réponses sont données en général en moins de 24h ouvrées.
Contribution à la surveillance
Surveillance des caractéristiques des infections
∠ Nous travaillons avec un réseau de partenaires hospitaliers et de cliniques privées réparties sur une trentaine de départements. Le volume d’activité continue d’augmenter. Des données, notamment sur la corrélation Culture et PCR, sont présentées en page 22 du rapport d’activité du CNRCH 2020.
∠ Notre Centre a participé à plusieurs enquêtes nationales utilisant la sérologie pour déterminer la prévalence de l’infection à H. pylori chez différentes catégories de malades.
∠ Nous avons participé à l’identification des souches de H. pylori dans le cas des lymphomes gastriques du MALT dans le cadre du protocole national du Groupe d’Étude des Lymphomes Digestifs de la Fédération Française de Cancérologie Digestive.
∠ Nous avons publié en septembre 2021 l’article « Épidémiologie de l’infection à Helicobacter pylori en France en 2020 : données de surveillance du CNR Campylobacters et Hélicobacters » que vous pouvez consulter dans l’onglet « bilans et publications »
∠ Le CNR a été associé à une étude de surveillance de la résistance de H. pylori aux antibiotiques (protocole PHARE). Les données de la 3ème phase, mars 2018 à mars 2019 sont présentées en page 32 du rapport d’activité du CNRCH 2020 et ont été publiées. Vous pouvez consulter l’article dans l’onglet « bilans et publications ». Survey of the antimicrobial resistance of Helicobacter pylori in France in 2018 and evolution during the previous five years.
Surveillance de la résistance aux agents anti-infectieux
Un grand espoir est né suite à la reconnaissance de H. pylori comme agent étiologique des maladies gastroduodénales, de pouvoir guérir ces maladies avec des traitements antibiotiques.
Mais nous sommes actuellement confrontés à un risque d’échec dû à l’augmentation des résistances. La bonne utilisation des antibiotiques dans cette indication constitue un défi pour ces prochaines années, et donc la surveillance des résistances devient une mission essentielle.
∠ Nos dernières données sont présentées dans le rapport d’activité du CNRCH 2020 pages 27 à 31.
Contribution aux réseaux de surveillance internationaux
Protocole européen de surveillance de la résistance de H. pylori aux antibiotiques, menée en 1998, 2008 et 2018. Les résultats préliminaires ont été présentés dans le rapport d’activité du CNRCH année 2018. L’année 2019 a été consacrée à la vérification des données et 2020. En 2020, une étude multivariées sur les facteurs de risque de la résistance aux principaux antibiotiques ainsi qu’une corrélation entre résistance et consommation d’antibiotiques dans les différents pays européens afin de conforter la publication finale ont été réalisées.
Fin 2019, un projet génomique sur H. pylori a été entrepris en collaboration avec le NIH du Maryland. Le but de cette étude est d’identifier des spécificités génomiques de trois populations de H. pylori : les souches isolées de cancer gastrique, de gastrites non atrophiques et les souches de lymphome gastrique de type MALT. Les analyses bio-informatiques sont toujours en cours au CNRCH.
* NGS : Next Generation Sequencencing
