Hélicobacters

Mission d’expertise

Identification et typage des souches de Hélicobacters

  • Identification des souches d’Hélicobacters
    Les souches de H. pylori ne posent pas de problème d’identification, mais posent des problèmes de transport. Pour cette raison, notre rôle est plutôt de prodiguer des conseils pour permettre la pousse de ces bactéries (milieu de culture, atmosphère et temps d’incubation, modalités de conservation).
    Nous avons aussi développé une méthode de PCR en temps réel basée sur le gène de l’ARNr 23S pour détecter H. Pylori et les mutations à l’origine de la résistance à la clarithromycine que nous appliquons systématiquement sur les biopsies gastriques reçues et aussi sur les selles.
    En revanche, de nouvelles espèces d’Hélicobacters dits entérohépatiques, notamment H. pullorum ont été récemment décrites et posent des problèmes de culture et d’identification.
    Nous avons développé une méthode PCR qui permet de détecter ces bactéries notamment au niveau du foie et de l’intestin. Bien que ces espèces soient réputées difficiles à cultiver, nous avons un programme de mise en culture systématique.
  • Typage des souches d’Hélicobacters
    Les mêmes méthodes moléculaires de typage que pour les Campylobacters utilisant la RAPD et la PCR-RFLP des gènes ureA et ureB sont utilisées. L’application consiste surtout à étudier la diffusion d’une souche dans un milieu familial et la différenciation entre récidive et réinfection en cas de récurrence d’une infection.
    Nous utilisons aussi la méthode MLST qui a permis de suivre les migrations humaines.
  • Étude sérologique
    La recherche des IgG anti-H. pylori par ELISA est pratiquée en routine au CNR depuis de nombreuses années ainsi que l’immunoblot.
    Nous avons collaboré avec l’AFSSAPS et le GEFH à une évaluation de 29 trousses utilisées en France pour la sérologie de H. pylori. Seules 4 trousses ont des performances satisfaisantes.
  • Test respiratoire à l’Urée marquée au carbone 13. Nous utilisons un spectrophotomètre de masse ABCA pour déterminer le ratio 13C/12C dans l’air expiré quand ce test indirect est utilisé.

Maintien et diffusion des souches

Le Centre maintient congelées les souches types des principales espèces d’Hélicobacters ainsi que toutes les souches isolées depuis 1984, soit plusieurs milliers, provenant de diverses pathologies.
Ces souches peuvent être distribuées sur demande. Toutefois, du fait de la nécessité d’envoyer ces souches congelées et des restrictions liées à la sécurité, cette diffusion est difficile et limitée.

Études dans le cadre de la recherche appliquée

Le Centre participe à la mise au point et à l’évaluation des nouvelles techniques de diagnostic, d’identification et de typage des souches.

  • Évaluation d’une méthode de PCR multiplex (Seegene, Corée), de PCR temps réel (rBiopharm, Mododiag) pour la détection de H. pylori et de son éventuelle résistance aux macrolides.
  • Participation à l’évaluation clinico-économique de la trousse HelicoDR (Hain Life Science, Allemagne), qui permet par une méthode PCR multiplex suivie d’une hybridation sur bandelettes, de détecter H. pylori et son éventuelle résistance aux macrolides et aux fluoroquinolones, dans le cadre d’un STIC en collaboration avec le GEFH.
  • Recherche de gènes de H. pylori qui pourraient être spécifiques de la maladie développée, en particulier de l’adénocarcinome et du lymphome gastrique du MALT.
  • A partir de janvier 2018, le CNR va mettre en place le séquençage haut débit de génomes bactériens.

Information et formation

Notre Centre contribue à la formation et à la diffusion de l’information concernant les bactéries concernées.
Un cours international sur les techniques appliquées à H. pylori a été organisé en 1994. Les protocoles ont été publiés dans un livre en 1996. Ce livre a été très diffusé en France.
Un ouvrage sur Helicobacter pylori en 2 tomes publiés en 1996 et 1997, en langue française, a été coordonné par le responsable du Centre et distribué à plusieurs milliers d’exemplaires.
Nous avons participé entre autres à une plaquette technique sur les méthodes de routine utilisables pour H. pylori et, en France, une brochure pour l’information des médecins généralistes a aussi été publiée.
Plusieurs revues sur H. pylori et les antibiotiques, en langue française et anglaise ont été réalisées.

Des formations continues sont organisés en collaboration avec l’Association des Biologistes d’Aquitaine.  Des formations pratiques sur place peuvent être organisées sur demande.

Contribution à la surveillance

Surveillance des caractéristiques des infections

Notre Centre a participé à plusieurs enquêtes nationales utilisant la sérologie pour déterminer la prévalence de l’infection à H. pylori chez différentes catégories de malades.
Nous avons participé à l’identification des souches de H. pylori dans le cas des lymphomes gastriques du MALT dans le cadre du protocole national du Groupe d’Étude des Lymphomes Digestifs de la Fédération Française de Cancérologie Digestive.

Surveillance de la résistance aux agents anti-infectieux

Un grand espoir est né suite à la reconnaissance de H. pylori comme agent étiologique des maladies gastroduodénales, de pouvoir guérir ces maladies avec des traitements antibiotiques.
Mais l’on est actuellement confronté à un risque d’échec dû à l’augmentation des résistances. La bonne utilisation des antibiotiques dans cette indication constitue un défi pour ces prochaines années, et donc la surveillance des résistances devient une mission essentielle.
Nous avons mis en place en 1997, avec l’aide de l’industrie pharmaceutique, une surveillance active au niveau national. Environ un quart des gastroentérologues ont participé en envoyant la biopsie d’un malade détecté H. pylori positif par un test rapide pour effectuer une culture et une étude de la sensibilité aux antibiotiques (macrolides, nitroimidazoles et amoxicilline). Les CMI ont été déterminées par la méthode de dilution en agar.
Cette étude a été reprise en 2000 mais cette fois sans soutien, ce qui nous a amené à n’avoir la collaboration que de 90 gastroentérologues.
En 2008 et 2009, nous avons pu obtenir des données sur la résistance de H. pylori aux antibiotiques en France à partir de 5 laboratoires distribués sur le territoire national, qui participaient à une surveillance européenne que nous avons coordonné. Sur les 354 souches testées, la résistance à la clarithromycine était de 22,5% et celle à la lévofloxacine de 17%.

Le CNR est associé à une étude de surveillance de la résistance de H. pylori aux antibiotiques (protocole PHARE). Les données 2014-2015 ont été publiées dans Clin Microb Infect en 2016 : la résistance primaire aux macrolides était de 22,2%, à la lévofloxacine 15,4%, 0,8% pour l’amoxicilline et la rifampcine, o% pour la tétracycline.

Contribution aux réseaux de surveillance internationaux

Nous avons contribué à un réseau de surveillance européen de la sensibilité de H. pylori aux antibiotiques en 1997 et en 2008-2009.
Notre Centre a coordonné le projet Eurohepygast du programme Biomed 1 de la Communauté Européenne. Ce projet a consisté à suivre l’évolution de malades souffrant de gastrite (90 % sont dues à H. pylori) et à déterminer les facteurs qui conduisent à une évolution vers l’ulcère ou l’atrophie gastrique.
Notre Centre a participé à un consortium du 6ème PCRD de l’Union Européenne intitulé « Infection et cancer » (INCA) de 2006 à 2010.

Conseil

Tests respiratoires à l’urée marquée au Carbone 13

Pour demander l’analyse d’un test respiratoire au CNRCH, utiliser la feuille de demande   Demande Analyse Test Respiratoire