Campylobacters

Mission d’expertise

Identification et typage des souches de Campylobacters

Identification des souches de Campylobacters

  • Identification au niveau de l’espèce par spectrométrie de masse MALDI-TOF : cette technique est désormais utilisée en routine au CNR.
  • Système de tests phénotypiques miniaturisés (Api Campy) développés au laboratoire à la fin des années 1980.
  • PCR standard utilisant des amorces spécifiques pour C. jejuni et C. coli développées en collaboration avec l’Institut Pasteur de Paris (Dr Guesdon).
  • PCR en temps réel pour C. jejuni, C. coli et C. fetus ciblant le gène gyrA ainsi que pour A. butzleri et A. cryaerophilus
  • Séquençage de l’ARNr 16S
  • PCR en temps réel pour la recherche des mutations à l’origine de la résistance des Campylobacters aux macrolides à partir de biopsies gastriques ou de selles

 

Le CNRCH participe régulièrement à des contrôles qualité externes : External_Quality_FWD2016

External_Quality_FWD2017

Typage des souches de Campylobacters

  • En cas de situation épidémique, le laboratoire peut mettre en œuvre les méthodes moléculaires suivantes :
    • RAPD. Cette méthode est bien adaptée à la comparaison de souches traitées simultanément.
    • PCR-RFLP sur le gène fla peut être mise en œuvre. Méthode standardisée par les membres du réseau européen Campynet.
    • MLST. Cette méthode permet de comparer des souches de différents laboratoires.
    • NGS : à partir de janvier 2018, le CNR va mettre en place les typages par Séquençage Haut Débit des génomes bactériens.

Maintien et diffusion des souches

Le Centre maintient congelées les souches types des différentes espèces de Campylobacters rencontrées chez l’homme, ainsi que d’autres souches de référence.
Ces souches peuvent être distribuées sur demande.
Toutes les souches reçues depuis 2010 sont conservées congelées à -80°C. Pour les années antérieures, seules les souches invasives, de genres ou d’espèces autres que C .jejuni et C. coli sont conservées.

Études dans le cadre de la recherche appliquée

Le Centre participe à la mise au point et à l’évaluation des nouvelles techniques de diagnostic, d’identification et de typage des souches :

  • Nous avons comparé les méthodes d’identification des Campylobacters, au niveau de l’espèce. Une étude sur plus de 1000 souches a montré la valeur de la spectrométrie de masse MALDI-TOF (logiciel BioTyper 2 Bruker Daltonics) en terme de spécificité, temps d’obtention du résultat et coût.
  • Une autre étude a été menée pour apprécier les performances des méthodes de détection alternatives à la culture. Elle a montré la valeur de la détection par PCR (PCR en temps réel et DPO-PCR) et par méthode immuno-enzymatique alors que plus d’un tiers des souches ne poussaient pas à la culture. Les tests immunochromatographiques rapides permettent un diagnostic rapide et faible des infections à Campylobacters et pourraient être utilisés en méthode de screening avant culture. Les tests ELISA Campylobacter sont à ce jour les seuls recommandés dans la recherche de Campylobacter avant transplantation fécale.

Information et formation

Le Centre contribue à la formation et à la diffusion des informations concernant les bactéries concernées.
Des formations sont organisées pour les responsables des laboratoires de ville en association avec l’Association des Biologistes d’Aquitaine. Des formations sur place ou sous la forme de formation continue sur site peuvent être organisées sur demande.

Contribution à la surveillance

Surveillance des caractéristiques des infections à Campylobacters

Depuis 1986, un réseau de laboratoires hospitaliers, universitaires et généraux, adresse des souches avec des informations sur les malades.
Ces informations comportent l’âge, le sexe du malade, le lieu de résidence, la date d’isolement, le type du prélèvement et des informations sur l’origine possible de la contamination, notamment l’existence de cas groupés ou de voyages à l’étranger.
Les laboratoires qui participent à ce réseau sur une base volontaire sont disséminés de manière homogène sur tout le territoire métropolitain. Ce réseau nous a permis d’obtenir des informations sur les infections graves à Campylobacters en France.
Nous recommandons à tous les laboratoires qui nous consultent sur un problème d’identification de nous adresser leurs souches atypiques.
En avril 2002, nous avons mis en place un réseau de surveillance des infections à Campylobacter basé sur les laboratoires de ville, en association étroite avec l’Institut de Veille Sanitaire. Les Laboratoires participant déjà à la surveillance des infections à Salmonella ont été contactés et ceux qui recherchent systématiquement les Campylobacters ont été recrutés sur une base volontaire.
La surveillance des infections à Campylobacter diagnostiquées à l’hôpital a également été étendue en 2003 à d’autres laboratoires.
Une étude cas-témoin sur les facteurs de risque des infections à Campylobacter a été mise en place par l’InVS basée sur ces réseaux de surveillance.

Surveillance de la résistance des Campylobacters aux agents anti-infectieux

La résistance des Campylobacters aux macrolides, aux tétracyclines et aux fluoroquinolones est particulièrement importante à suivre car ce sont des composés utilisés pour traiter ces infections.
La résistance aux fluoroquinolones a montré une évolution régulière qui semble aller en parallèle à l’utilisation plus importante de ces antibiotiques dans la communauté.

La résistance à la gentamicine reste rare : le CNR a participé à la caractérisation des mécanismes de résistances associés à cette résistance par une stratégie basée sur le NGS.

La résistance aux carbapénèmes est exceptionnelle : les mécanismes associés sont en cours de caractérisation par approche NGS.

Le CNR travaille actuellement à l’établissement de cut-offs épidémiologiques adaptés aux antibiogrammes des bactéries du genre Arcobacter.

Collaboration avec les réseaux nationaux de surveillance chez l’animal

Nous collaborons avec le laboratoire national de référence (LNR) des Campylobacters, localisé à l’AFSSA de Ploufragan, qui est chargé de la surveillance de ces bactéries au niveau de l’alimentation depuis 2006.
Nous avons été responsable du groupe de travail Campylobacter dépendant du Comité d’Expert Spécialisé Microbiologie de l’AFSSA visant à mener une étude quantitative du risque d’infection à Campylobacter, essentiellement sur la base de l’étude de la consommation de produits aviaires. Le Rapport a été publié en 2004.

Contribution aux réseaux de surveillance européens et internationaux

Nous avons participé au réseau Campynet, financé par la Communauté Européenne qui avait pour but de comparer les méthodes de typage des Campylobacters.
Les données du CNR sont transmises chaque trimestre au réseau européen s’intéressant aux Campylobacters via Santé Publique France.

Alerte

Les cas groupés d’infection à Campylobacter sont signalés sur une base hebdomadaire à l’Institut de Veille Sanitaire. En cas de détection de phénomènes épidémiques, d’apparition d’un nouvel agent pathogène, ou d’une forme clinique inhabituelle, le Centre prévientSanté Publique France et la Direction Générale de la Santé.

Conseil

Le directeur du Centre est à la disposition de Santé Publique France et de la Direction Générale de la Santé pour participer à l’élaboration de mesures de lutte contre les maladies concernées chaque fois que cela est nécessaire.