Mission d’expertise
Identification et typage des souches de Hélicobacters
∠ Identification des souches de Hélicobacters
Les souches de H. pylori sont difficilement identifiables par MALDI-TOF notamment de la société Bruker (scores trop faibles). L’identification est basée sur des caractères phénotypiques (état frais, catalase, oxydase, uréase). Les autres espèces du genre Helicobacter sont identifiées soit par MALDI-TOF (si les spectres sont présents dans la base) soit par Next Generation Sequencencing (NGS) *.
Nous prodiguons à la demande des conseils aux biologistes pour isoler H. pylori à partir de biopsies gastriques : milieu de culture, atmosphère et temps d’incubation, modalités de conservation, conditions de réalisation d’un antibiogramme.
Des fiches pratiques sont disponibles sur notre site internet dans l’onglet « Fiches techniques & Recommandations ». Des formations pratiques sur place au CNRCH peuvent être organisées à la demande.
Nous avons aussi développé une méthode de PCR en temps réel, en barrettes prêtes à l’emploi, basée sur le gène de l’ADNr 23S pour détecter H. pylori et les mutations à l’origine de la résistance à la clarithromycine que nous appliquons systématiquement sur les biopsies gastriques reçues. Nous aidons sur demande les biologistes à mettre en place le PCR H. pylori en routine sur biopsies gastriques.
Le CNRCH a mis en place une technique de NGS applicable sur biopsie gastrique fraiche ou inclus en parrafine basée sur une technique d’enrichissement de cibles (« DNA Capture). Nous pouvons avoir accès au résistome, au virulome et la classification phylogénétique de la souche infectante : Cf catalogue des actes.
∠ Typage des souches de Hélicobacters
Nous utilisons en priorité le séquençage de génome par Next Generation Sequencencing (NGS).
Maintien et diffusion des souches
Le Centre maintient congelées les souches types des principales espèces de Hélicobacters ainsi que de nombreuses souches isolées depuis 1984, soit plusieurs milliers, provenant de diverses pathologies.
Ces souches peuvent être distribuées sur demande.
Études dans le cadre de la recherche appliquée
Le Centre participe à la mise au point et à l’évaluation des nouvelles techniques de diagnostic, d’identification et de typage des souches. L’ensemble des informations sont disponibles dans nos rapports annuels en ligne sur notre site internet.
Information et formation
∠ Notre Centre contribue à la formation et à la diffusion de l’information concernant les bactéries concernées.
∠ Des formations pratiques au sein du CNRCH destinées aux biologistes ainsi qu’aux techniciens de laboratoire des établissements extérieurs sont possibles sur demande.
∠ Nous mettons à jour régulièrement les fiches techniques proposées sur le site du CNRCH
∠ Nous recevons directement au CNR les appels téléphoniques et emails de gastro-entérologues pour des conseils thérapeutiques. Les réponses sont données en général en moins de 24h ouvrées. Le directeur du CNRCH participe également à la RCP du Groupe d’Etude Français des Hélicobacters.
Contribution à la surveillance
Surveillance des caractéristiques des infections
∠ Nous travaillons avec un réseau de partenaires hospitaliers et de cliniques privées réparties sur une trentaine de départements. Le volume d’activité continue d’augmenter.
∠ Nous avons mis en place mi-2023 un nouveau réseau de surveillance on-line : le réseau Hélico-net. L’objectif premier était d’élargir le réseau de surveillance des infections à H. pylori du CNR et si possible à l’ensemble du territoire national. L’objectif second était de faire un état des lieux des pratiques diagnostic au sein des laboratoires de biologie, notamment la place de la culture et de la PCR.
En 2024, 28 laboratoires (18 CHU, 5 CH et 5 laboratoires privés) ont saisi des données dans le site Hélico-net. Ces laboratoires ont accès, via le site internet du CNR, à l’aide d’un login et mot de passe à un site de saisie. Seuls les cas d’infection à H. pylori sont saisis (par culture et/ou PCR).
Les principales données demandées sont :
-des données patients (anonymisées) : âge, sexe, code postal, pays de naissance ;
-nature et localisation des biopsies ;
-données cliniques : diagnostic, notion de traitement d’éradication antérieur ;
-données microbiologiques : PCR, culture, kit de PCR utilisé, géloses, données antibiogramme.
Les données ont été intégrées aux données du CNR dans le bilan épidémiologique 2024 pour H. pylori.
Surveillance de la résistance aux agents anti-infectieux
Un grand espoir est né suite à la reconnaissance de H. pylori comme agent étiologique des maladies gastroduodénales, de pouvoir guérir ces maladies avec des traitements antibiotiques.
Mais nous sommes actuellement confrontés à un risque d’échec dû à l’augmentation des résistances. La bonne utilisation des antibiotiques dans cette indication constitue un défi pour ces prochaines années, et donc la surveillance des résistances devient une mission essentielle.
Les données actualisées chaque année de résistance aux antibiotiques pour H. pylori sont présentées dans notre rapport annuel d’activité.
