Mission d’expertise
∠ Identification des Campylobacters
- Identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Le CNR utilise un spectromètre de la société Bruker.
- Séquençage NGS : utilisé en routine depuis 2024 pour l’ensemble des souches reçues et déjà antibiogrammées chez nos laboratoires correspondants.
- Système de tests phénotypiques miniaturisés (Api Campy). Ces galeries sont utilisées lors de la caractérisation de possible nouvelles espèces.
- Diagnostic ELISA à partir d’échantillon de selles dans le cadre de dépistage pré-transplantation fécale.
- PCR syndromique (BD MAX).
∠ Typage des souches de Campylobacters
En cas de situation épidémique et après signalement de cas groupés d’infections, le CNRCH peut mettre en œuvre les méthodes moléculaires suivantes :
- Next Generation Sequencing (NGS) : depuis début 2024, cette stratégie est privilégiée.
- Random Amplification of Polymorphic DNA : en cas de nécessité de réponse urgente.
∠ Maintien et diffusion des souches
Le CNR maintient congelées les souches types des différentes espèces de Campylobacters rencontrées chez l’homme, ainsi que d’autres souches de référence.
Le CNR dispose d’une collection de souches type pour de nombreuses espèces des genres Campylobacter sp, Aliarcobacter sp et Helicobacter sp. Ces souches peuvent être distribuées sur demande.
∠ Études dans le cadre de la recherche appliquée
Le CNR participe à la mise au point et à l’évaluation de nouvelles techniques de diagnostic (PCR syndromique et NGS notamment), d’identification et de typage des souches (recherche d’antigènes, nouveaux kits ELISA…).
L’ensemble des études réalisées chaque année sont répertoriées dans nos rapports d’activité disponibles sur notre site internet.
∠ Information, Formation, Conseils
Le Centre contribue à la formation et à la diffusion des informations concernant les bactéries concernées.
Des appels téléphoniques ainsi que des courriels nous arrivent régulièrement. Les appels téléphoniques sont transmis immédiatement à un des biologistes du CNR. En cas d’absence, l’appel est tracé et un mail est envoyé par notre personnel aux biologistes pour les prévenir. Une réponse est systématiquement donnée.
Les emails sont adressés, soit directement aux biologistes du CNR, soit via le système messagerie intégrée au site internet. Nous répondons à nos messages en général en moins de 24h ouvrées.
La diffusion des activités du CNR se fait non seulement par notre participation active aux congrès de microbiologie mais également via notre site internet sur lequel le rapport annuel est disponible. La liste des publications les plus récentes y sont affichées. Nous mettons à jour régulièrement des fiches pratiques et techniques. Nos dernières publications et participations aux congrès et conférences sont également recensées dans le rapport d’activité du CNRCH.
Nous organisons des séminaires en ligne, des journées d’informations et d’échanges et souhaitons continuer à former à la demande tout personnel au diagnostic bactériologique des infections à Campylobacter sp et des bactéries apparentées.
Nous répondons aux sollicitations du CA-SFM et de l’EUCAST.
Le directeur du Centre est à la disposition de Santé Publique France et de la Direction Générale de la Santé pour participer à l’élaboration de mesures de lutte contre les maladies concernées chaque fois que cela est nécessaire.
Contribution à la surveillance
∠ Surveillance des caractéristiques des infections à Campylobacters
Depuis 1986, nous travaillons avec un réseau de correspondants privés et hospitaliers. Nos correspondants acceptent de nous envoyer leurs souches accompagnées d’une feuille de renseignement par un système de transport organisé par le CNR.
Depuis 2013, certains correspondants, utilisant les mêmes méthodes que le CNRCH, saisissent directement leurs données sur un site dédié et sécurisé. Ils nous adressent 1 souche sur 10 pour confirmation et suivi qualité de leurs résultats.
Ces informations comportent l’âge, le sexe du malade, le lieu de résidence, la date d’isolement, le type du prélèvement et des informations sur l’origine possible de la contamination, notamment l’existence de cas groupés ou de voyages à l’étranger.
Notre objectif est de couvrir, grâce à l’amplitude de répartition de nos correspondants, toutes les régions de France y compris les départements d’outre-mer.
Nous recommandons à tous les laboratoires, qui nous consultent sur un problème d’identification ou identifient un marqueur de résistance aux antibiotiques rare (érythromycine, gentamicine, carbapénèmes, amoxicilline-ac. clavulanique), de nous adresser leurs souches.
∠ Surveillance de la résistance des Campylobacters aux agents anti-infectieux
Tous les antibiogrammes ont été réalisés selon les recommandations du CA-SFM : milieu MH-F 5% sang de mouton, inoculum 0,5 McF, écouvillonnage, incubation à 35°C en atmosphère microaérobie en jarre (génération d’atmosphère à l’aide d’un Anoxomat (Mart)). La lecture à 48h (ou 72h) a été effectuée à l’aide de l’automate SIRScan (société I2A) puis vérification visuelle des diamètres lus à la caméra. La majorité des antibiogrammes est réalisée par la méthode de diffusion en disque (BioRad). Des déterminations de CMI par Etest peuvent être réalisées si besoin.
La résistance des Campylobacters aux macrolides, aux tétracyclines et aux fluoroquinolones est particulièrement importante à suivre car ce sont des composés utilisés pour traiter ces infections.
Données 2024 :
La résistance à l’ampicilline reste stable pour C. jejuni (31,1%) et C. coli (27,3%) : comme par le passé, la résistance est plus élevée chez C. jejuni. C. fetus reste parfaitement sensible. Ceci est conforme aux années précédentes, tout comme la quasi absence de résistance à l’amoxicilline-acide clavulanique excepté chez A. butzleri (68,4%).
La résistance à la ciprofloxacine pour C. jejuni (59,8%) est presque aussi élevée que pour C. coli (62,9%). La résistance de C. fetus à la ciprofloxacine est de 10,2%, stable par rapport à 2023.
La résistance à l’érythromycine reste à un niveau très faible pour C. jejuni (0,2%), C. coli étant comme par le passé plus résistant (5,7%). La résistance à la tétracycline reste à un niveau très élevé (et semble stagner) notamment pour C. coli (78,8%) et pour C. jejuni (37,9%).
La résistance à la gentamicine reste anecdotique pour Campylobacter sp mais peut être rencontrée pour C. jejuni (0,1%) et C. coli (1,3%). Le taux de résistance à la streptomycine chez C. coli est élevé (34,6%).
La résistance aux carbapénèmes est exceptionnelle : les mécanismes associés sont en cours de caractérisation par approche NGS *.
Le CNR utilise des cut-offs d’interprétation spécifiques pour A. butzleri appliqués à l’ampicilline, l’amoxicilline-acide clavulanique, la ciprofloxacine et la gentamicine. Ces «cut-offs» ont été publiés par le CNR (Jehanne et al., Microbiol Spectr. 2022)
∠ Collaboration avec les réseaux nationaux de surveillance chez l’animal
Une collaboration existe avec le Laboratoire National de Référence (LNR) des Campylobacters de l’ANSES de Ploufragan. Ce laboratoire s’intéresse aux isolats de Campylobacters provenant des élevages de volailles et de porcs, des abattoirs correspondants, des étals du commerce et de l’environnement.
Le CNR a entretenu, comme par le passé, ses collaborations avec le LNR Campylobacter (ANSES, Laboratoire de Ploufragan-Plouzané, collaborateurs ; M Chemaly, M Denis) via le partage de souches, la participation à des comités de thèse et l’organisation de colloques scientifiques (journées communes LNR-CNR).
P Lehours signale à l’ANSES de Ploufragan (Mme Tardy Florence, Unité Mycoplasmologie Bactériologie Antibiorésistance) l’émergence de tout nouveau mécanisme de résistance tel que l’identification d’une nouvelle méthylase chez C. coli associée à la résistance aux macrolides.
En début d’année 2024, dans une volonté de renforcer la collaboration entre le CNRCH et le LNR des Campylobacters (Laboratoire National de Référence Campylobacter spp., ANSES, Ploufragan), laboratoire de référence pour le réservoir animal, le projet CampySeq s’est formé. Ce projet s’est déroulé sur toute l’année et a eu pour ambition de mettre en commun la méthodologie de séquençage des souches de C. jejuni et de C. coli et l’analyse de ces séquences afin de développer une surveillance coordonnée et efficace des Campylobacters dans les réservoirs animaux, sur la chaine alimentaire ainsi que chez l’Homme sur le territoire national.
Ce projet consiste à comparer un ensemble de souches de C. jejuni et C. coli d’origines humaines et vétérinaires en provenance des deux centres (CNRCH et LNR, respectivement) afin d’harmoniser les méthodes et analyses NGS et de détecter la présence de clones bactériens et mécanismes de résistance ou virulence au sein de ces deux réservoirs. L’objectif est d’associer d’éventuels cas groupés de campylobactérioses humaines à leurs réservoirs de contamination, avec une surveillance renforcée pendant les évènements à grande échelle, particulièrement lors des jeux olympiques de Paris de cette même année.
∠ Contribution aux réseaux de surveillance européens et internationaux
Chaque année les résultats de surveillance sont transmis, par l’intermédiaire de Santé publique France, au réseau Européen Tessy de l’ECDC.
Liste des principales espèces
Campylobacteraceae
Campylobacter
- C. jejuni
- C. jejuni subsp. jejuni
- C. jejuni subsp. doylei
- C. coli (junior synonym: C. hyoilei)
- C. lari
- C. upsaliensis
- C. helveticus
- C. fetus
- C. fetus subsp. fetus
- C. fetus subsp. venerealis
- C. hyointestinalis
- C. hyointestinalis subsp. hyointestinalis
- C. hyointestinalis subsp. lawsonii
- C. sputorum
- C. sputorum biovar sputorum
- C. sputorum biovar fecalis
- C. sputorum biovar paraureolyticus
- C. mucosalis
- C. concisus
- C. curvus
- C. gracilis
- C. rectus
- C. showae
La liste complète des espèces est disponible sur https://lpsn.dsmz.de/search?word=Campylobacter
Aliacobacter
- A. nitrofigilis
- A. cryaerophilus
- A. cryaerophilus group I
- A. cryaerophilus group II
- A. butzleri
- A. skirrowii
La liste complète des espèces est disponible sur https://lpsn.dsmz.de/search?word=Aliarcobacter
